Yato y Yukine finalmente han arreglado su relación como dios y Regalia, y todos han regresado a su vida diaria. Yato sigue siendo una deidad menor y desconocida que sigue realizando trabajos ocasionales por cinco yenes cada uno con la esperanza de tener algún día millones de adoradores y su propio gran santuario. Hiyori Iki todavía no tiene su alma suelta fijada por Yato, pero disfruta de la vida y se prepara para asistir a la escuela secundaria. Noragami Aragoto, que tiene lugar inmediatamente después de la primera temporada, se adentra en el complicado pasado entre Yato y el dios de la guerra Bishamon. El dios femenino guarda un rencor misterioso contra Yato, lo que a menudo resulta en violentos enfrentamientos entre ellos. No ayuda que la Regalia más querida y de mayor confianza de Bishamon, Kazuma, parezca estar en deuda con Yato. Cuando las vidas están en juego, desentrañar estos misterios y otros puede ser la única manera de corregir los errores del pasado.