Edward Elric, un joven y brillante alquimista, ha perdido mucho en sus doce años de vida: cuando él y su hermano Alphonse intentan resucitar a su madre muerta a través del acto prohibido de la transmutación humana, Edward pierde a su hermano y dos de sus miembros. Con sus supremas habilidades de alquimia, Edward ata el alma de Alphonse a una gran armadura. Un año más tarde, Eduardo, ahora ascendido a alquimista del estado, se embarca en un viaje con su hermano menor para obtener la Piedra Filosofal. Se rumorea que el legendario objeto mítico es capaz de amplificar las habilidades de un alquimista a pasos agigantados, permitiéndole así anular la ley fundamental de la alquimia: para ganar algo, un alquimista debe sacrificar algo de igual valor. Edward espera atraer los recursos del ejército para encontrar la piedra legendaria y restaurar sus cuerpos y los de Alphonse a la normalidad. Sin embargo, los hermanos Elric pronto descubren que la legendaria piedra es mucho más de lo que se ve a simple vista, ya que son conducidos al epicentro de una batalla mucho más oscura de lo que jamás podrían haber imaginado.