Al morir su madre, los hermanos Elric se inician en el estudio de la alquimia con el fin de devolverla a la vida. Tras formarse durante varios años, proceden a intentarlo, pero fracasan y salen malparados: Edward, el mayor, pierde la pierna izquierda, y Alphonse, el menor, el cuerpo entero. En el último suspiro, Ed sacrifica su brazo derecho para vincular el alma de su hermano a una armadura. Un tiempo más tarde, los dos hermanos emprenden un peligroso viaje en busca de la piedra filosofal, un legendario objeto capaz de hacer que vuelvan a ser como antes. Para dar con su paradero, Ed se alista en el ejército y entra a formar parte de los Alquimistas Nacionales. Con la ayuda de algunos mandos, como Roy Mustang o Maes Hughes, los chicos se enfrentan a numerosos peligros, entre los que se halla un implacable asesino de militares y unos misteriosos seres llamados Homúnculos.