Después de que un infierno misterioso mata a su familia, Shirou es salvada y adoptada por Kiritsugu Emiya, quien le enseña los caminos de la magia y la justicia. Una noche, años después de la muerte de Kiritsugu, Shirou está limpiando en la escuela, cuando se encuentra atrapado en medio de un encuentro mortal entre dos superhumanos conocidos como Siervos. Durante su intento de escapar, el niño es atrapado por uno de los sirvientes y recibe una lesión que amenaza su vida. Milagrosamente, él sobrevive, pero el mismo Sirviente regresa para terminar lo que comenzó. En su desesperación, Shirou convoca a un Sirviente propio, un caballero llamado Sable. Los dos ahora deben participar en la Quinta Guerra del Santo Grial, una batalla real de siete Siervos y los magos que los convocaron, con el gran premio que no es otro que el mismo Santo Grial omnipotente. Noche de estancia de destinoSigue a Shirou mientras lucha por encontrar la delgada línea entre un héroe y un asesino, sus ideales chocan con la dura realidad que lo rodea. ¿Se convertirá el niño en un héroe como su padre adoptivo, o morirá en el intento?